和解程序设立的目的。从实行宽严相济的刑事政策开始，就存在“以罚代刑”的质疑，这源于对当事人和解程序设立的目的存在模糊认识。事实上，设立当事人和解程序的目的是为了更好地实践罪刑相适应的刑法基本原则。刑法规定，对于犯罪分子决定刑罚的时候，应当根据犯罪的事实、犯罪的性质、情节和对社会的危害程度，依法判处。
可见，当事人之间达成和解协议，并不能成为在刑罚上从宽处理的直接原因。刑罚从宽与否，必然是根据犯罪事实、犯罪性质、情节以及社会危害程度等要素来决定的。只有在当事人和解满足两个基本要件的情况下，才能从宽处理：一是行为人主观恶性小，人身危险性不大，由民间纠纷引起的轻微的刑事案件或是过失犯罪。二是对已被破坏的法律维护的秩序存在现实的修复。法律维护的秩序有层次性，大体分为个体秩序和公共秩序。个体秩序强调的是行为人与被害人之间形成的特定的社会关系；公共秩序则强调行为人与被害人以外不特定人之间形成的社会关系。达成和解协议对个体秩序的现实修复是无疑的，但不必然对公共秩序也同时实现修复。要达成和解协议并实现从宽处罚，应当要求对两种秩序的修复均为有效。否则，不能产生从宽处罚的法律效果。
和解程序适用的条件。当事人和解程序有时被理解为当事人之间的“交易”，似乎与辩诉交易存在着某种承继关系。辩诉交易是美国的司法制度，指在法官开庭审理之前，作为控诉方的检察官和代表被告人的辩护律师进行协商，以检察官撤销指控、降格指控或要求法官从轻判处刑罚为条件，换取被告人的认罪答辩。我国的当事人和解程序与辩诉交易有着本质区别。
首先，当事人的和解不是“罪”的和解。当事人不能就行为人构成此罪彼罪、重罪轻罪进行和解，更不能就其罪与非罪进行和解。也就是说，当事人和解的内容不能像辩诉交易那样包含对行为人“罪”的处分。
其次，当事人的和解不是“刑”的和解。当事人和解不能就行为人具体刑罚处罚的轻重、刑种的选择以及免予刑事处罚作出约定。也就是说，当事人和解的内容不能像辩诉交易那样包含对行为人所处“刑罚”的处分。
最后，当事人的和解不是“证据”上的和解。有观点认为，有的案件证据不充分，但是被告人认罪，适用和解刚好解决证据不充分的问题。但实际上，当事人和解不可能就证据的有无、证据的证明力以及证据间的相互印证作出有效约定。更重要的是，我国的证据体系严格限制被告人认罪在证明被告人有罪上的证据效能。总之，当事人的和解，不是“罪”、“刑”、“证据”上的和解，当事人和解对于刑事案件来说既非实体上的和解，也非程序上的和解。刑事案件的办理应严格依法，不能由当事人任意协商处分。因此，除根据刑诉法第277条规定的适用和解程序的案件外，还必须强调：案件事实清楚，证据充分。这就要求：当事人和解程序只能适用于行为人有罪的案件中。如果证据不足，不能认定行为人有罪，则无当事人和解程序适用的余地。因此，检察机关对和解案件作出的不起诉决定，只能是相对不起诉，而不能是绝对不起诉或是存疑不起诉。法院依据法律认定被告人无罪，或者因证据不足不能认定被告人有罪，作出无罪判决的案件，均不可适用和解程序。
和解程序的法律效果。当事人和解程序不必然引起从宽处罚。刑诉法第279条规定，对于达成和解协议的案件，公安机关可以向检察机关提出从宽处理的建议。检察机关可以向法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。法院可以依法对被告人从宽处罚。法条中使用“可以”从宽处罚的文字表述，亦表明了和解程序不必然引起从宽处罚的立法意图。