一、依法开展改制单位的清产核资工作
在事业单位转制、改制过程中，坚持公有资产保值增值是一项基本原则。要依法维护国家、集体所有者的合法权益，就必须规范整个清产核资的操作程序。事业单位自身的资产产权界定、资产评估本身就是一个十分敏感而又引人关注的问题，特别是有些事业单位由于历史的原因，拥有的资产数额十分庞大，这个问题就更加突出。因此如何保证清产核资工作的顺利进行，防止某些人利用改制、转制之机，以各种非法手段侵吞公有资产，是摆在各级领导面前的一个必须认真对待的问题。我们认为，只有加强法律监督和控制，才能有效的保证清产核资工作的正常开展。
第一、改制单位的上级主管部门应加强对清产核资工作的指导和监督，在改制单位申请资产评估立项后，由主管部门委托具有资质的中介机构对改制单位进行资产评估。
第二、对涉及到改制单位产权界定、产权交易、资产处置方案的制订、改制单位的股权结构设置、资产转让等行为，应由律师出具法律意见书，确保整个改制、转制流程的合法性。
第三、加强民主监督，资产的评估结果、处置方案等须交由职工大会审议。
第四、对发生在转制过程中的违法犯罪行为必须依法处理。对于在转制、改制过程中隐匿资产的行为，一经发现，就要依法追究当事人法律责任。对于中介机构在承办业务时，同改制单位串通作弊、弄虚作假或隐瞒不报，出现重大疏漏、严重误导等导致国有资产重大流失、侵害其他产权主体合法权益的，也应依法追究责任。
二、改制方案的制定要坚持“三公”原则和职工民主管理
同国有企业改制一样，事业单位在改制过程中涉及的改制、转制方案的制订实施应坚持公开、公平、公正的原则，必须事先将改制方案提交职工(代表)大会审议通过。这既是在政治上保证职工群众的主人翁地位，调动广大职工的积极性和创造性，也是在制度上落实职工群众参与民主管理、民主监督。如果这项工作做得不好，往往会影响改制的正常进行，甚至还会给社会带来不稳定的因素。
第一、应做好单位职工的思想工作，让职工群众真正理解改制的内涵，使他们主动参予到改制过程中来，保证改制工作的顺利进行。
第二、应依法召开职工(代表)大会，对于清产核资的结果、资产评估结果、改制方案等交由职工大会做成规范的决议。
第三、在改制过程中切实注意保护职工的合法权益，对涉及职工切身利益的决定应交由工会和职工大会讨论并形成决议。
三、根据单位不同情况决定企业形式
由于事业单位具有分布较广、类型复杂等特点，在转制、改制过程中不能就改制单位的形态进行“一刀切”，而是要根据各个单位的不同特点来决定其改制的形式；从改制单位的股权设置角度来说，也不能片面强调国有资本全部退出，而要根据各单位的不同情况，在鼓励经营者持大股的前提下，有选择的保留部分国有股份。
根据大多数事业单位的实际情况，按照现代企业制度的要求，改制为有限责任公司是一种常见的做法。有限责任公司具有注册资本要求较低、设立程序简单、出资方式灵活、治理结构设置灵活、改制成本低等特点，比较适合于那些参股人数较少、企业资产不是很多的企业。改制成有限责任公司可以从产权制度改革上一步到位，有利于企业的经营层、主要经营者和业务骨干持大股。