民营企业改制中的债务问题主要表现在：
一、关于在职职工的隐形负债
这些负债也称改制成本，由于目前社会保障体制比较健全，在职职工改制成本的财务安排也基本透明。在职职工改制成本以解除劳动合同支付经济补偿金的形式支付，应在改制中一次性以现金解决。支付经济补偿金参考标准和计算方法按国家有关政策规定，资金来源是改制企业的净资产，包括原有现金、资产变现和股权出让所得现金。当然，职工获得的经济补偿金可在自愿基础上转为改制企业等值股权，以节省改制现金支出。
二、隐形债务的清查
隐形债务不同于明显债务的是评估时具有隐蔽性和复杂性，难免会影响资产评估价格。因此民营企业在改制过程中应当尽量将隐形债务明显化，减少隐形债务发生的数量，从而减少会计处理上的不确定性，具体方法就是对可能发生隐形债务的渠道进行清查，一要清查改制企业担保事项;二要清查不具备入账要求而在账外循环并既成事实的事项;三要清查合同，了解有无存在财产或权益方面的潜在债务事项。
三、隐形债务的保全处理
企业改制后发现的隐形债务并不能以企业改制转型为由，淡化或取消原企业与债权人的债权债务关系，无论采取的改制形式如何。对于改制前已经知悉并经过评估、清理但在改制方案中协商未履约的隐形债务，由改制后的公司制企业承担债务。对于改制过程中没有暴露出来的隐形债务，对于恶意串通损害债权人利益的，由原企业和改制后的公司制企业共同承担并清偿，除此之外，应由原企业在改制后的公司中的股份承担有限责任。但是需要特殊说明的是，如果企业是部分改制或是分立改制，事后发生的隐形债务则只能由母体公司承担，原因在于如果由分立出去的部分来承担，则有抽逃注册资金之嫌，当然如果母体公司承担不足的，可再由分立出去的部分在公司制企业中的股份承担。